Agar berlaku efektif dan mengikat, sebuah Peraturan Perusahaan terlebih dahulu harus mendapatkan
pengesahan. Pengesahan itu dilakukan oleh kepala instansi ketenagkerjaan
kabupaten/kota untuk perusahaan yang berada di wilayah kabupaten/kota. Jika
wilayah perusahaan itu meliputi lebih dari 1 kabupaten/kota, pengesahan itu
dilakukan oleh kepala instansi ketenagakerjaan provinsi, atau Direktur Jenderal
Pembinaan Hubungan Industrial dan Jaminan Sosial Tenaga Kerja untuk perusahaan
yang wilayahnya meliputi lebih dari 1 provinsi.
Untuk memperoleh pengesahan instansi, Perusahaan terlebih dahulu
harus mengajukan permohonan pengesahan. Permohonan itu dilengkapi dengan naskah
Peraturan Perusahaan yang ditandatangani oleh Pengusaha sebanyak 3 rangkap.
Selain naskah Peraturan Perusahaan, permohonan juga melampirkan bukti bahwa
Perusahaan telah meminta saran dan pertimbangan dari wakil karyawan (Srikat
Buruh).
Setelah menerima permohonan, instansi yang berwenang selanjutnya
meneliti kelengkapan dokumen. Selain meneliti kelengkapan, instansi yang
berwenang juga meneliti materi Peraturan Perusahaan yang diajukan, yang perlu
dipastikan bahwa materinya tidak boleh lebih rendah dari peraturan
perundang-undangan.
Jika permohonan pengesahan tidak memenuhi kelengkapan yang
diwajibkan, atau terdapat materi yang lebih rendah dari peraturan
perundang-undangan, maka instansi yang berwenang dapat menolak secara tertulis
permohonan tersebut. Sebaliknya, jika permohonan pengesahan sudah memenuhi
kelengkapan yang diwajibkan dan materinya tidak lebih rendah dari peraturan
perundang-undangan, instansi yang berwenanga wajib mengesahkan Peraturan
Perusahaan, yaitu dengan menerbitkan surat keputusan dalam waktu paling lama 7
hari kerja sejak diterimanya permohonan.
Selama masa berlakunya Peraturan Perusahaan, Perusahaan dapat
melakukan perubahan terhadap isi Peraturan Perusahaan. Perubahan itu dapat saja
dilakukan dengan materi yang lebih rendah dari Peraturan Perusahaan sebelumnya,
namun dengan syarat sepanjang tidak bertentangan dengan peraturan
perundang-undangan. Untuk dapat berlaku efektif, perubahan itu terlebih dahulu
harus mendapat kesepakatan dari wakil Karyawan (misalnya Serikat Buruh) dan
pengesahan dari instansi yang berwenang. Tanpa adanya kesepakatan dan
pengesahan, maka perubahan itu dianggap tidak pernah ada.